Olika kollektivavtal tillämpas på personalen beroende på om personen jobbar på ett universitet eller en yrkeshögskola – även inom samma organisation. Avtalen skiljer sig från varandra fast de i det stora hela är relativt lika. Problemet kan ofta sitta i detaljerna. Bland annat skillnaderna i antalet undervisningstimmar kommer att accentueras när samarbetet mellan universiteten och yrkeshögskolorna intensifieras. Då kan det finnas kolleger som arbetar i samma arbetsrum med samma arbete, men som har olika villkor och lön.
Det finns stora skillnader i uppgiftsbeteckningarna; till exempel tolkningen av avtalsvillkoren för forskningsbetonade arbetsuppgifter kan variera vilt inom högskolesektorn. I yrkeshögskolor är forskarna utgångsmässigt stödpersonal för administrationen som till exempel inte har veckosluts- eller kvällsarbetstillägg eller en ställning inom undervisningen. Ändå finansierar forskningsprojekten också undervisningen. Forskarna deltar i arbete som utförs som en del av undervisningen. Precis som lärarna måste också forskarna ibland arbeta kvällar och veckoslut. Men endast lärarna får tillägg och ersättningar för det här - ibland. Det finns också skillnader i kollektivavtalens lönepraxis mellan universitets- och YH-lärare.
Om högskolesektorn i framtiden kombinerar YH- och universitetsnivåerna tätare än i dag så finns det i bådas kollektivavtal yrkesgrupper som drabbas av märkbara försämringar om de övergår till det andra avtalet. Grovt taget förlorar YH-lärarna minst lika mycket om de övergår till universitetets kollektivavtal som universitetets forskare förlorar på att övergå till yrkeshögskolornas kollektivavtal. Det finns attraktiva erbjudanden för dem som idkar avtalsshoppningar.
Om man i framtiden förhandlar om gemensamma kollektivavtal för högskolesektorn är det av största vikt att alla grupper av anställda representeras i förhandlingarna och att alla får sin röst hörd.